Viešoji įstaiga (VšĮ) gali būti likviduojama Civilinio kodekso nustatytais juridinių asmenų likvidavimo pagrindais.
Galimi šie VšĮ likvidavimo pagrindai: teismo ar kreditorių susirinkimo sprendimas likviduoti VšĮ dėl bankroto, Juridinių asmenų registro tvarkytojo arba visuotinio dalininkų susirinkimo sprendimas likviduoti VšĮ.
Likviduojamos VšĮ kreditorių reikalavimai tenkinami Civilinio kodekso 2.113 straipsnyje nustatyta tvarka. Patenkinus visus kreditorių reikalavimus, iš likusio VšĮ turto jos dalininkams grąžinamas turtas, kurio bendra vertė negali būti didesnė negu dalininkų kapitalas. Dalininkams grąžinamas turtas paskirstomas proporcingai jų įnašų vertei. Likęs nepaskirstytas turtas perduodamas kitiems Juridinių asmenų registre įregistruotiems viešiesiems juridiniams asmenims, kuriuos nustato visuotinis dalininkų susirinkimas ar teismas, priėmę sprendimą likviduoti VšĮ.
Likviduojama VšĮ nerengia veiklos ataskaitos.
Galima likviduoti tik tokią VšĮ, kuri neturi įsiskolinimų arba VšĮ dalininkai sutinka tuos įsiskolinimus padengti.