Filialo veikla nutraukiama kompetentingo organo sprendimu. Apie filialo veiklos nutraukimą filialo vadovas turi pranešti viešai filialo nuostatuose nurodytame šaltinyje tris kartus ne mažesniais kaip 30 dienų intervalais arba vieną kartą ir pranešti visiems kreditoriams raštu. Skelbime ar pranešime turi būti nurodytas terminas kreditorių reikalavimams pareikšti, kuris negali būti trumpesnis kaip 2 mėnesiai nuo viešo paskelbimo dienos. Viešai paskelbus apie užsienio bendrovės filialo veiklos nutraukimą, užsienio bendrovės filialo kreditoriai turi teisę reikalauti įvykdyti prievolę ar kad užsienio bendrovė, kuriai priklauso filialas, suteiktų papildomą prievolių įvykdymo užtikrinimą. Veiklą nutraukusio užsienio bendrovės filialo dokumentai iki filialo išregistravimo perduodami saugoti įmonėms Dokumentų ir archyvų įstatymo nustatyta tvarka.
Filialas išregistruojamas Registro tvarkytojui gavus filialo išregistravimui reikalingus dokumentus bei Teritorinės valstybinės mokesčių inspekcijos pranešimą apie juridinio asmens atsiskaitymą su biudžetais ir pinigų fondais (forma JAR-PBA).